Færøerne blev besat af britiske styrker den 12. april 1940. Da forbindelsen blev afskåret med Danmark, blev styreformen et samarbejde imellem Amtmanden og partierne Sambandspartiet, Socialdemokratiet, og Selvstyrepartiet. Folkeflokken valgte at stå udenfor, da det ikke kunne anerkende Amtmandens fortsatte virke.

England overtog de områder hvor Danmark før havde ydet støtte, og øerne blev dermed helt afhængig af England, der aftog produktionen og forsynede dem med de vigtigste varer.

Under krigen blev øerne delvis befæstet, og sunde og fjorde blev mineret, ligesom englænderne anlagde en flyveplads på Vågø. Færøerne blev flere gange angrebet af tyske fly, men skaderne var begrænsede. Tilgengæld led de færøske skibe store tab. 25 skibe gik tabt og 132 søfolk omkom, hvilket gjorde den forholdsvise tabsrate til en af de højeste under den Anden Verdenskrig.

Ved valget til Lagtinget i 1943 havde Folkeflokken stor fremgang, men dog ikke stor nok til at kunne gennemføre deres forslag om selvstyre. Englændernes holdning var at de ikke kunne acceptere en ændring af øernes forhold før Danmark var frit igen.