Som hæren fik også flåden lov til at fungere efter besættelsen i 1940. Den 29. august 1943 overtog tyskerne magten i landet. Hæren blev afvæbnet og tyskerne forsøgte at sætte sig i besiddelse af flåden, der for størsteparten lå ved Holmen i København.

Men flåden var forberedt på en sådan handling, og havde givet ordre til at flåden enten skulle forsøge at undslippe til Sverige eller sænke sig selv i tilfælde af et tysk angreb. Og da tyskerne trængte ind på Holmen om morgenen d. 29. august, sænkede eller ødelagde besætningerne størsteparten af de danske skibe.

Af 52 skibe i den danske flåde blev de 32 sænket, 14 taget af tyskerne, 2 var i Grønland og 4 undslap til Sverige.